U vrijeme turističke sezone kada jadranske otoke privremeno nastanjuje puno više novih, nego što ima autohtonih stanovnika tijekom godine, briga za ekološki opstanak otoka postaje izraženija.
Ugroženost i potreba intenzivnije zaštite bioraznolikosti, otoka i morskog okoliša je uvijek aktualna tema, jer su otoci sami po sebi veoma krhki ekosustavi i mikrokozmos sam za sebe. Većinom s malo plodnog tla, bez izvora pitke vode, osim kišnica u škrapama, otočki život težak je i ljudima i prirodi. Na otocima prevladava otporna i nezahtjevna sredozemna zimzelena vegetacija, u kojoj je ekološki najznačajnija makija, mirta, smrča, planika, lovor, brnistra i još nekoliko biljaka. Makija je najočuvanija na Brijunima te na Rabu, Cresu, Lošinju, Dugom otoku, Braču, Korčuli, Lastovu i Mljetu. Na otocima su česte i kamenjare, biljke mirisne poput trna, kadulje, smilja, kovilja, pelina i drača. Fauna je oskudnija I prevladava sitna divljač,a orintofauna je izuzetno bogata. Najpoznatija, ali i najugroženija vrsta jest bjeloglavi sup na Cresu i Plavniku. Životinjski svijet uglavnom je autohton. Utjecajem na otočni ekosustav izdvajaju se zečevi, jarebice, već poodavno dovedeni mungos te jeleni i mufloni. Među domaćim životinjama prevladavaju ovce i koze.
U Hrvatskoj je zaštićeno oko 60.000 hektara teritorijalnog mora, što je oko dva posto ukupne površine. Najreprezentativnija područja su tri nacionalna parka, Brijuni, Kornati, Mljet i dva parka prirode, Telašćica i Lastovsko otočje, koja su ključni dijelovi ekološke mreže Hrvatske u eko mreži EU Natura 2000.
Jadranski arhipelag dijeli sliku bioraznolikosti kakvu ima Sredozemno more i pripadajuće zemlje. S oko 25 000 biljnih vrsta, što čini gotovo jednu desetinu ukupnog broja vaskularnih biljaka (papratnjača, sjemenjača) na Zemlji, sredozemni bazen treće je najbogatije područje u svijetu po biljnoj raznolikosti. Otoci značajno doprinose biljnoj raznolikosti, a u Sredozemlju ih je gotovo 10 000, različitih veličina i prirodnih posebnosti. Zajedničko im je da su svi redovito vrlo osjetljivi ekosustavi u kojemu intenzivne promjene okoliša i ljudsko uplitanje, čak i niskog intenziteta, mogu značajno utjecati na floru i vegetaciju.
Jadransko more ima 1231 otoka, otočića i grebena te je uz grčko najraznolikije i najbogatije u Sredozemlju. Do sada je u Hrvatskoj utvrđeno 5013 vrsta i podvrsta biljaka, ali još uvijek se ne zna točan broj biljnih vrsta na našim otocima. Dosadašnje analize pokazale su kako na 106 do sada istraženih jadranskih otoka raste 1807 vrsta biljaka, što je oko 36 posto ukupne hrvatske flore . Na većini hrvatskih otoka, flora nije popisana i pred znanstvenicima je dugi zadatak da to urade, jer puno je otoka koji su udaljeni od kopna i nenaseljeni. Najbolje su pak proučeni otoci u sjevernom Jadranu te kornatsko i zadarsko otočje.
Stoga su datumi poput 22. svibnja, kojeg su Ujedinjeni narodi proglasili Međunarodnim danom bioraznolikosti, a u Hrvatskoj se dodatno obilježava i Dan prirode, prilika da se znanstvenici, lokalne zajednice i eko udruge pozabave s otočkim i priobalnim ekosustavom. Uz to, Ujedinjeni narodi proglasili su desetljeće biološke raznolikostii od 2011. do 2020. godine s ciljem da se zaustavi negativan trend gubitka bioraznolikosti.
Posljednjih desetljeća, prirodna i kulturna baština sve se više gazi, razgrađuje i zaboravlja. Sklad prirodnog i graditeljskog ozbiljno je poremećen, a prirodna baština krči se radi nove, uglavnom stambene gradnje. Infrastruktura koja to prati narušava krajolike, a neuređena odlagališta otpada i prekratki kanalizacijski ispusti onečišćuju, a sve češće zagađuju otočni okoliš i ugrožavaju prirodnu baštinu. Najveći problem otoka je visoka depopulacija i to desetljećima unazad. Napuštena sela, zapuštene gromače i terase, običaji i govor koji umiru s posljednjim stanovnicima, prijete potpunim raskidom sklada prirode i čovjeka na nekim hrvatskim otocima.